在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

研究方案毕竟

1、从光敏培植生殖细胞中导入DNA热塑球胆固醇

要想溶合光交连球脂肪酸-DNA复合材料物用来LC-MS对其进行研究分析，我们的开发一种变形纯化方式，可从DNA中我们要除非说说交连球脂肪酸，仅在光照时采用之间基因遗传组触碰聚集DNA交连球脂肪酸。用TRIZOL我们要除着色质并我们要除逮捕获的非交连球膳食纤维，随后将其二次溶解出来以对其进行RNase助肠蠕动。采用mri裁取所得税率球脂肪酸交连DNA的我们要除物，在硫氰酸胍中加热变形，并在二氧化的硅离心分离柱上猛烈洗洁以我们要除非说说交连球脂肪酸必定会做完。采用核酸酶处里从DNA中挥发释放光交连球膳食纤维，并对其进行胰球膳食纤维酶助肠蠕动用来LC-MS对其进行研究分析。该方式方法起名为球脂肪酸交连DNA我们要除或XDNAX。

图1.淀粉酶质热塑DNA提现或XDNAX具体步骤图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可单独玩DNA的核高蛋白图谱

将光化学交联策略适用于MCF7神经组织细胞，得知了1,805种获选核蛋清酶酶，至少1,191种留存于3个或大量次连续中。60%的DNA彼此之间帮助组配有核酸配合的GO注脚，在欠缺核酸配合注脚的核蛋清酶酶质中，非常大的贡献度发源核纤层核蛋清酶酶，首先其次是参入染料质组织机构和神经组织细胞裂开的核蛋清酶酶质（图2）。

图2 . 可真接碰到 DNA 的球膳食纤维（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3工作总结了DNA彼此之间做用组所隐藏的核苷酸酶质-DNA工具栏极其含盖的核苷酸热塑肽。这包涵会因为（1）球状DNA切合框架域、（2）DNA 切合混乱区（IDR）和（3）会因为与另外核苷酸酶质（举例组核苷酸酶切合核苷酸酶）、RNA（举例剪接细胞因子）或相分割区室（举例核仁核苷酸酶）彼此之间做用而会造成的条件更加接近。

图3 . 可单独遇到 DNA的空间结构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、降钙素原检测细胞核扰动前三天与DNA通过的转录成分

雌性生长的激素感觉α（ESR1）驻停留在胞质溶胶中，到遇着其配体，促发易位到癌神经组织细胞结构，在在那里它与染色体组中的特殊空间结合起来以促活特殊的转录软件。将血清饥饿的MCF7癌神经组织细胞展现于高的用药量雌性生长的激素（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与模拟仿真解决的相较相对较癌神经组织细胞相对较因此的DNA主动意义组（图4A）。其中的，雌性生长的激素敏感后DNA主动意义组中的ESR1增长了30倍（图4B）。总的来，在1,814个一定量的球营养物质-DNA主动意义中，约有9%现示出大于2倍的重要转化，并关察到与ESR1存在主动意义的球蛋清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌生长激素治疗乳腺癌癌肿瘤细胞 DNA 上下级效用组的按量相对（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

总结

研发进去表观遗传组的核苷酸质以询问它是怎么才能被读出并付诸实行的，长时间是科学人工这个长时间的理想。表观遗传组可及性主要是以DNA为中心的的弯度来研发，因此，到当今直到，复染质妇科凝胶中的怎样核苷酸质与DNA 的发生物理化学互不影响尚不很清楚。采用零远距离光热塑，可发掘DNA互不影响组中的大部份数核苷酸质，XDNAX方法将做为核苷酸质-DNA互不影响研发的强劲方法。

拜谱总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的血清质组学、掩盖组学、代谢率组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

选取文献综述：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.